ZEN Module Cell Counting Automatische Zellzahlbestimmung und Darstellung der Messergebnisse
Das Modul stellt einen einfachen automatischen Bildanalyseworkflow zum Zählen von fluoreszenzmarkierten Zellkernen in biologischen Proben zur Verfügung. Es besteht aus einem einfachen Setup-Schritt und einer maßgeschneiterten Anzeige der Messergebnisse mit interaktiven Messtabellen, Heatmap und weiteren Graphen. Das Modul eignet sich für das automatisierte Monitoring der Zellzahl und damit die Zellproliferation, z.B. unter dem Einflussvon Verbindungen. Das Modul liefert die folgenden Messwerte: Anzahl der Zellkerne, Dichte der Zellkerne, mittlere Intensität des selektierten Fluoreszenzkanals und mittlere Fläche der Zellkerne in einem Well. Das Modul beinhaltet:
- Einfaches Setup zur Einstellung und Kontrolle der Parameter
- Auswahl zwischen schwellwertbasierter Segmentierung oder integriertem neuralem Netz (AI) zur Identifikation der fluoreszenzmarkierten Zellkerne
- Für die Applikation voreingetellte Parameter für einfache Bedienung
- Interaktive Darstellung der Ergebnisse mit Tabelle, Heatmap (für multi-well Aufnahmen), xy-Scatterplot und Histogramm
- Einfacher Export der Messtabellen, Plots und Prozessierungseinstellungen
- Unterstützung von fixed Timepoint (2D) und Zeitserienbildern (2D + Zeit) Anforderungen: Für die Verwendung der AI-basierten Segmentierung ist eine ZeissPython Installation erforderlich
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