Erstellen Sie flexible automatische Messprogramme für die Analyse Ihrer 2D-Bilder. Definieren Sie in wenigen Schritten ein automatisches Messprogramm zur Analyse Ihrer Datensätze (z. B. Zeitreihen, Kachelaufnahmen und Multiszenenbilder). Ein benutzerfreundlicher Assistent führt Sie durch alle notwendigen Einstellungen beginnend mit der Definition der Klassen, über die Segmentierung der Objekte bis hin zur Auswahl der Messparameter. Erzeugen einfache Messprogramme mit einer einzigen Klasse oder setzen sie mächtige Messprogramme mit mehreren Klassen auf, welche sie auch hierarchisch anordnen können (Objekte innerhalb von Objekten) oder Sie verwenden das vordefinierte Einflusszonen-Messprogramm* falls Sie Objekte in der Peripherie anderer Objekte detektieren möchten. Wählen Sie zur Segmentierung jeder einzelnen Klasse flexibel zwischen verschiedenen klassischen und KI-basierten Methoden. Insbesondere bei schwierig zu segmentierenden Datensätzen können Sie die Ergebnisse durch KI-Modelle verbessern (unterstützt werden sowohl Semantische- als auch Instanzsegmentierung). Dieses Toolkit ist "AI-ready", d.h. Sie können zuvor trainierte KI-Modelle im Analyseprogramm verwenden, ohne eine weitere Lizenz zu benötigen. Laden Sie dazu einfach ein mit dem ZEN Toolkit AI in ZEN oder ZEN core trainiertes Modell in den Bildanalyse- Assistenten, oder verwenden Sie ein in apeer trainiertes DNN. Falls nötig, verfeinern Sie im Anschluss daran die Ergebnisse weiter; z.B. durch Algorithmen zur Objekttrennung oder indem Sie Regionenfilter anwenden. Zur Quantifizierung der Objekte steht Ihnen eine Vielzahl von Messmerkmalen zur Verfügung, wie z.B. verschiedene geometrische Merkmale (Größe, Form,…) oder Intensitätsmerkmale wie auch benutzerdefinierte Messparameter*. Nach der Analyse werden die segmentierten Bilder zusammen mit Ergebnistabellen und Diagrammen (z. B. Scatterplot oder Heatmaps) angezeigt. Tabellen, Diagramme und Bilder sind miteinander verknüpft, so dass Sie ihre Ergebnisse interaktiv untersuchen können. Sie können die erstellten Bildanalyseprogramme auch für die Stapelverarbeitung mehrerer Datensätze verwenden. Zusätzlich enthält dieses Toolkit auch die Bio App Zellzählung*. (*nicht in ZEN-Core verfügbar) Für die Vorverarbeitung Ihrer Bilddaten bietet das Toolkit zusätzlich eine Reihe von speziellen Bildverarbeitungsfunktionen aus den Bereichen Edges (z. B. Highpass, Sobel, Laplace,...), Arithmetic (z. z. B. Addition, Konstante multiplizieren,...), Morphologie (z. B. Erode, Dilate, TopHat,...), Segmentierung (z. B. Canny, Marr,...) sowie Binäre Operationen (z. B. Löcher füllen, Und, Oder,...). Voraussetzungen: - Für die Verwendung von semantischen KI-Modellen ist eine Installation von Zeiss Python erforderlich. - Für die Verwendung von Modellen zur Instanzsegmentierung ist eine Installation von Docker Desktop erforderlich. Für die Verwendung von KI-Modellen wird eine Hardwarekonfiguration von 8 GB GPU und 64 GB RAM empfohlen. Es werden nur CPU und Nvidia-GPUs unterstützt.
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