ZEN Toolkit Bio Apps

Einfach zu bedienende Bildanalyse für Standardanwendungen in den Biowissenschaften.

Wählen Sie die Bio App aus, die am besten für ihre Applikation geeignet ist, und passen Sie sie mit nur wenigen Klicks an Ihre Daten an. Das Toolkit enthält folgende Bio Apps:

• Zellzählung: automatische Zellzahlbestimmung
• Konfluenzmessung: Vermessung der von Zellen überwachsenen Fläche - Gen- und Proteinexpression: Quantifizierung von Gen- und Proteinexpression
• Automatische Spotdetektion: Quanzifizierung von Spots im Zellkern und/oder Cytoplasma
• Translokation: Quantifizierung des Verhältnisses der Intensität von Zellkern und Cytoplasma

Nutzen Sie schnelle, klassische Segmentierungsmethoden oder leistungsstarke KI-Modelle, um IhreZellen noch präziser zu erkennen. Dieses Toolkit ist "AI-ready", d.h. Sie können zuvor trainierte KI- Modelle in den Bio Apps verwenden, ohne eine weitere Lizenz zu benötigen. Laden Sie dazu einfach ein mit dem ZEN Toolkit AI trainiertes KI-Modell oder ein auf arivis Cloud trainiertes Deep-Learning-Modell zur semantischen oder Instanzsegmentierung in die BioApp. In der Ergebnisansicht werden die segmentierten Bilder zusammen mit maßgeschneiderten Ergebnistabellen und Diagrammen angezeigt, um Ihnen einen schnellen Überblick über Ihre Probe zu geben. Dabei sind Tabellen, Diagramme und Bilder miteinander verknüpft, so dass Sie die Ergebnisse interaktiv untersuchen können. Alle Bio Apps bieten eine Heatmap-Ansicht und eignen sich daher insbesondere für die Analyse von Experimenten in Multiwell-Platten. Sie unterstützen sowohl 2D-Analysen von Endpunkt- als auch Lebendzell-Assays.

• Schneller Einstieg mit einer auf Ihre Anwendung zugeschnittenen Bio App
• Vordefinierte Parameter ermöglichen eine einfache Bedienung
• Wählen Sie zwischen schneller klassischer Segmentierung oder leistungsstarken KI-Modellen für anspruchsvolle Segmentierungsaufgaben: Nutzen Sie mit dem ZEN Toolkit AI trainierte KI-Modelle oder Deep- Learning Modelle mit semantischer oder Instanz(*)segmentierung (*nicht Konfluenzmessung) die auf arivis Cloud trainiert wurden.
• Visualisieren Sie Ihre Ergebnisse mit dedizierten und interaktiven Ergebnisdarstellungen (Tabelle, Heatmap, Zeitreihe, xy- Scatterplot, Histogramm)
• Exportieren SieIhre Tabellen, Plots und Verarbeitungseinstellungen
• Unterstützt 2D-Analysen von Endpunkt- als auch Lebendzell-Assays Anforderungen:
• Für die Verwendung von semantischen KI-Modellen ist eine Installation von ZeissPython erforderlich.
• Für dieVerwendung von Modellen zur Instanzsegmentierung ist eine Installation von Docker Desktop erforderlich. Für die Verwendung von KI-Modellen wird eine Hardwarekonfiguration von 8 GB GPU und 64 GB RAM empfohlen. Es werden nur die CPU sowie Nvidia-GPUs unterstützt.